完成三岛通行证任务后，玩家将解锁炎之岛、闪光岛和雷电岛的探索权限。这一阶段的核心要求是必须击败精英四和冠军，并集齐加拉尔地区的全部徽章作为前置条件。部分隐藏任务需要与特定NPC互动触发，比如在枯叶市码头与研究员对话获取红宝石任务，或在一号岛灯塔解决NPC的委托。这些任务通常涉及道具收集或战斗挑战，完成后会开放更多岛屿区域或稀有精灵捕捉机会。
登岛后的首要任务是解决各岛屿的环境谜题。炎之岛需要玩家携带会冲浪和碎岩技能的精灵，以穿越熔岩地形和破坏障碍；闪光岛则要求队伍中有闪光术照明，否则无法进入洞穴深处；雷电岛的电网迷宫需按特定顺序触发开关，且必须避开巡逻的雷电系精灵。每个岛屿的BOSS战（如炎之岛的火焰鸟）需要队伍平均等级达到55级以上，并提前准备属性克制的精灵。任务进度会通过游戏内的通信系统自动保存，但关键道具如红蓝宝石必须手动交还给对应NPC。
后期任务链涉及跨岛协作，例如将五号岛获得的波克比蛋孵化后，需带到六号岛解开石门象形文字谜题。七号岛的遗迹任务则需要同时携带会攀瀑和怪力的精灵，在特定时间（游戏内夜晚）才能激活机关。这些设计显著提升了任务复杂度，部分区域如四号岛的培育屋和竞技场会提供临时增益道具，建议优先解锁以强化队伍战力。任务奖励包括大师球、属性强化石等稀有物品，但多数需要完成多阶段支线才能获取。
最终阶段会解锁超梦洞穴，这是三岛任务的隐藏终点。洞穴内设有等级压制机制，野生精灵普遍达到60级且会主动攻击，必须携带足够的高级伤药和状态恢复剂。洞穴底层的超梦战需使用大师球或特定战术（如催眠+刀背打）捕捉，其战斗数据会直接影响图鉴完成度统计。完成全部三岛任务后，游戏会开放特殊通信功能，允许与其他版本交换限定精灵，这是达成全图鉴的必要条件。
