捕捉神兽是许多玩家的终极目标。火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟这三大经典神兽的位置非常明确：火焰鸟位于1号岛的灯火山顶，闪电鸟藏在无人发电厂最深处，而急冻鸟需要前往双子岛推石头堵住瀑布才能见到。超梦则躲在华蓝洞窟最底层，捕捉前需要确保队伍中有会冲浪和攀瀑技能的宝可梦。这些神兽等级都在50级左右，建议提前准备足够的高级球或大师球。
捕捉急冻鸟的具体流程是从19号航道出发，带上一只会冲浪的宝可梦前往双子岛。到达后需要按照特定顺序推石头，将瀑布完全堵住后才能见到急冻鸟。闪电鸟的捕捉地点在10号公路最上方的无人发电厂，使用冲浪技能渡过河流即可进入发电厂内部。火焰鸟的捕捉相对简单，直接登上1号岛的灯火山顶就能遭遇。这些神兽都是随机出现的稀有遭遇，可能需要反复尝试才能遇到。
通关后可以遇到更多传说宝可梦，包括在关东地区草丛随机出现的雷公，以及第八座彩虹岛右下方出现的Lv70洛奇亚。第九座彩虹岛上完成拼图后会出现Lv30的迪奥西斯，而幽灵塔顶楼则可能遇到吉拉奇。这些神兽的捕捉难度较高，建议将目标宝可梦的血量削弱至红色状态，并配合状态异常效果提高捕获率。使用具有催眠或麻痹技能的宝可梦会大幅提升捕捉成功率。
游戏后期在第五个岛屿的仓库剧情中，玩家需要找回被抢走的蓝宝石并解开密码。完成这部分剧情后，通讯功能会开放，这时可以前往最后一个岛屿的洞穴，通过推石头解谜来捕捉未知图腾。最终回到水蓝市就能收服超梦，这是火红版中最强的神兽之一。捕捉过程中要注意存档，因为部分神兽只有一次遭遇机会，失败后无法再次挑战。
提升队伍等级是成功捕捉神兽的关键前提。最有效的方法是利用战斗探测器在一号岛的灯火山温泉附近反复挑战训练师，这里的对手等级都在37级左右，击败后能获得可观的经验值。通关后记得找博士升级图鉴到386版，这样就能解锁更多隐藏区域和神兽捕捉点。合理分配资源，优先培养具有控制技能的宝可梦，将为神兽捕捉之旅提供极大便利。
